Wake Up!!
22年前
1986年のとある教会。
葬儀の最中、突然柩の中から男が復活。顔に黒い血管が浮かんだファンガイア体に変身すると、弔問客からライフエナジーを吸収する。騒然となる中、男＝ファンガイアはさらにスパイダーファンガイアに変身、次々と弔問客に襲い掛かる。
そこへ現れた一人の女性、ゆり（高橋優）は武器を手にスパイダーファンガイアに立ち向かう。激しい戦いはいつ終わるとも知れず…。
現在
めがねとマスクをした見るからに不審な男・渡（瀬戸康史）は今日も魚の骨を集めていた。人との関わりを絶つかのように不審な行動を続ける渡を、近所の主婦らは「お化け屋敷に住むお化け太郎」と噂していた。
その渡が住む古びた洋館に警察官がやってきた。あまりの悪臭に周辺住民から苦情が殺到しているらしい。厳しい質問にさらされそうになる渡だったが、唯一の理解者でもある少女・静香（小池里奈）の機転で救われる。その里奈によると、渡は自称“この世アレルギー”。世界のすべてに免疫機能が過剰反応を起こすというのだが…。
その屋敷の室内にはいくつものバイオリンがつるされており、壁にあるバイオリン型の巣箱の中ではキバット（声・杉田智和）が赤い目を不気味に光らせていた。
22年前
喫茶店「カフェ・マル・ダムール」でゆりは嶋（金山一彦）から新たなターゲットの指示を受ける。バブル景気に乗って成り上がった会社社長。彼の秘書が５人も行方不明になっているらしい。ファンガイアか…!?
そのターゲット、津上（姜暢雄）をキャッチしたゆり。しかし、津上の部下に逆に追われるはめに。通りがかった男・音也（武田航平）に抱きつき、恋人のフリをすることでやり過ごしたゆりは礼を言うが、音也はすっかりその気に。ファンガイア体に変身した津上を追い詰めても、突如現れた音也に邪魔され逃してしまう。
「この馬鹿！」。
あまりに図々しい音也に一発お見舞いするゆり。次の瞬間、音也の手からバイオリンケースが落ちて…。
現在
そのバイオリンケースと同じデザインのケースの中にあるバイオリン“ブラディ・ローズ”、父がたったひとつ遺したもの…。渡はそれと同じ色を出したいと工夫を重ねていた。実は魚の骨を集めていたのも、そのバイオリンの微妙な色を出そうとしたためだった。
その渡はバイオリンとは別にもう一つ悩みを抱えていた。前日、偶然出会ったモデルの恵（柳沢なな）に言われマスクを外した渡。意外にも拒否反応は出なかったが、ということは自分も汚れた世界の空気に冒された汚れた人間だったのか。
その恵がカオルというモデル兼モデル事務所社長にヘッドハンティングされた。が、カオルこそ22年前、ゆりが逃してしまった津上＝ホースファンガイアだった。恵に襲い掛かるファンガイア、しかし恵は毅然と武器を手に立ち向かった。まるで22年前のゆりのように…。
しかし、次第にホースファンガイアに押されていく恵。そこへ現れた渡はキバットを手に仮面ライダーキバに変身。キバとホースファンガイアの壮絶な戦いが始まった！
「ウェイクアップ！」。
キバットの合図とともに足の鎖が断ち切られると、鮮やかなキックを一閃。ホースファンガイアをみごとに撃破する。
そんなキバの戦いを目の当たりにした恵は、さっそうと引き上げていくキバの背中へ攻撃を仕掛ける。いったいなぜ…？